Bệnh viện Đà Nẵng được thành lập từ trước năm 1945, với tên ban đầu là Hospital de Danang. Cơ sở đặt tại đường Hùng Vương ( nay là Trường Cao Đẳng Y tế TW2) thuộc Sở Y tế thành phố Đà Nẵng và một phần của Khu Dược). Bệnh viện lần lượt được mang tên Hospital Indigène de Danang, Bệnh viện Đà Nẵng, Trung tâm Y tế toàn khoa Đà Nẵng.
Năm 1965, bệnh viện được chuyển về vị trí hiện nay. Từ năm 1970, được sự giúp đỡ của tổ chức Malteser, Trung tâm Y tế toàn khoa Đà Nẵng đã phát triển số giường bệnh lên đến 1.000 giường ( bao gồm 200 giường của Bệnh viện C Đà Nẵng)
Sau năm 1975, bệnh viện một lần nữa được mang tên Bệnh viện Đà Nẵng, trực thuộc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam- Đà Nẵng.
Năm 1997, thành phố Đà Nẵng trở thành Thành phố trực thuộc Trung ương, Bệnh viện Đà Nẵng trực thuộc Sở Y tế thành phố Đà Nẵng.
Tháng 1 năm 2003, Bệnh viện Đà Nẵng chính thức được nâng hạng trở thành bệnh viện Hạng I.
